Ontrafel in Blacksad: Under the Skin als de charismatische detective John Blacksad een corruptieschandaal in het hart van de onderwereld van New York tijdens begin jaren ’50.
Wanneer Joe Dunn, de eigenaar van een boxclub, dood wordt aangetroffen en Robert Yale net voor zijn grote gevecht op mysterieuze wijze verdwijnt roept Sonia Dunn, de dochter van Joe de hulp in van John Blacksad. Deze sinistere zaak zal de detective leiden naar de meest duistere en akelige plekken in New York.
De game is gebaseerd op een Spaanse stripreeks welke is getekend in film noir stijl en speelt zich af in de Verenigde Staten in het begin van de jaren ’50. Alle personages zijn antropomorfe dieren, hun eigenschappen hebben altijd iets te maken het dier dat zij vertegenwoordigen. Zo is een vos bijvoorbeeld heel sluw en een neushoorn enorm sterk.